桥式PCR，一种简易连接DNA标签序列的方法

中国生物工程杂志

2009, Vol. 29

Issue (11): 66-69

技术与方法

桥式PCR，一种简易连接DNA标签序列的方法

毛建平^**,王全会,周颖,方静,崔玉芳

北京放射医学研究所北京 100850

Bridge PCR,An Easy Way for Concatemerizing DNA Tags

MAO Jian-ping**,WANG Quan-hui,ZHOU Ying,FANG Jing,CUI Yu-fang

Institute of Radiation Medicine,Beijing 100850, China

全文: PDF(496 KB) HTML

摘要：

MAST方法采用人工文库的DNA标签序列鉴定mRNA的可接近位点。大量的标签序列通过扩增和克隆测序达到阐明mRNA结合位点图。设计了单一引物的PCR，其引物在标签序列两端结合搭桥，在扩增中DNA标签序列在搭桥引物的作用下进行连接，连接的标签序列再克隆和测序。十几条这样的连接产物包含了上千条标签序列。该PCR方法简单、高效以用于高通量的方式对标签序列测序。

关键词： 生物反应器; 小鼠胚胎干细胞; 拟胚体; 心肌细胞; 分化

Abstract:

In MAST (mRNA accessible site tagging), the DNA tags from synthesized library were employed for identifying mRNA accessible sites. A large number of tags were amplified and subcloned for sequencing to verify mRNA binding profiles. A PCR was designed by using one primer which bridges over the tag terminal sequences. In PCR reaction DNA tag fragments were concatemerized by a bridge primer in reaction cycles. The concatemerized tag fragments were subcloned and sequenced. Dozens of the concatemerized sequences contained thousands tags. The PCR was a simple, effective way which for sequencing tags in a high through put manner

Key words: Bioreactor Mouse embryonic stem cells Embryoid body Cardiomyocytes Differentiation

收稿日期: 2009-08-03 出版日期: 2009-12-07

ZTFLH:

Q75

基金资助:

科技重大专项(2008ZXJ09001014)、国家自然科学基金(30271546)资助项目

通讯作者: 毛建平 E-mail: maojp@nic.bmi.ac.cn

	服务
	把本文推荐给朋友
	加入引用管理器
	E-mail Alert
	RSS
	作者相关文章
	毛建平
	王全会
	周颖
	方静
	崔玉芳

引用本文:

毛建平王全会周颖方静崔玉芳. 桥式PCR，一种简易连接DNA标签序列的方法[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(11): 66-69.

MAO Jian-Beng, WANG Quan-Hui, ZHOU Ying, FANG Jing, CUI Yu-Fang. Bridge PCR,An Easy Way for Concatemerizing DNA Tags. China Biotechnology, 2009, 29(11): 66-69.

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/ 或 https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2009/V29/I11/66

［1］	Zhang H, Mao J, Zhou D, et al. mRNA accessible site tagging (MAST): a novel high throughput method for selecting effective antisense oligonucleotides. Nucleic Acids Research, 2003, 31: e72
［2］	Mao J, Liang Z, Mao B. For mRNA accessible sites selecting: a comparative study between MAST and computational prediction. Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology, 2004, 20(3) :399~407
［3］	Dominic G S, Alexandra K B, Amy C R, et al. Tandem arrayed ligation of expressed sequence tags (TALEST): a new method for generating global gene expression profiles. Nucleic Acids Research, 1999, 27:e22
［4］	Larry G. Oligonucleotides as research, diagnostic, and therapeutic agents. The Journal of Biological Chemistry, 1995, 270(23):13581~13584
［5］	Singer B S, Shtatland T, Brown D et al. Libraries for genomic SELEX. Nucleic Acids Research, 1997, 25:781~786
［6］	Kopylov A M, Spiridonova V A. Combinatorial chemistry of nucleic acids: SELEX. Molecular Biology, 2000, 34(6):1097
［7］	Pan W, Devlin H, Kelley C, et al. A selection system for identifying accessible sites in target RNAs. RNA, 2001, 6:610~621
［8］	Pan W, Xin P, Bui V, and Clawson G. Rapid identification of efficient target cleavage sites using a hammerhead ribozyme library in an iterative manner. Molecular Therapy, 2003, 7(1):129
［9］	Victor E V, Zhang L, Vogelstein B, et al. Serial analysis of gene expression. Science, 1995, 270:484~487
［10］	Zhang L, Zhou W, Velculescu V. et al. Gene expression profiles in normal and cancer cells. Science, 1997, 276:1268~1272

[1]	刘天义,冯卉,SALSABEELYousuf,解领丽,苗向阳. lncRNA在动物脂肪沉积中的研究进展^*[J]. 中国生物工程杂志, 2021, 41(11): 82-88.
[2]	赵久梅,王哲,李学英. 调控软骨形成的信号通路及相关因子在骨髓间充质干细胞骨向分化中的作用^*[J]. 中国生物工程杂志, 2021, 41(10): 62-72.
[3]	靳露,周航,曹云,王振守,曹荣月. 高通量灌流培养模型在生物工艺开发中的应用研究[J]. 中国生物工程杂志, 2020, 40(8): 63-73.
[4]	陈飞,王晓冰,徐增辉,钱其军. 干细胞改善糖尿病的分子机制及临床研究进展[J]. 中国生物工程杂志, 2020, 40(7): 59-69.
[5]	辜浩,郭鑫宇,堵晶晶,张锫文,王定国,廖坤,张顺华,朱砺. MiR-186-5p对3T3-L1前脂肪细胞增殖分化的影响研究 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2020, 40(3): 21-30.
[6]	杭海英,刘春春,任丹丹. 流式细胞术的发展、应用及前景 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(9): 68-83.
[7]	梁振鑫,刘芳,张玮,刘庆友,李力. 抗p185 ^erb ^B2人鼠嵌合抗体ChAb26转基因小鼠乳腺生物反应器的制备与验证 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(8): 40-51.
[8]	朱颖,范梦恬,李具琼,陈彬,张盟浩,吴静红,施琼. 趋化因子受体CX3CR1调控人主动脉瓣膜间质细胞成骨分化的作用研究 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(8): 7-16.
[9]	刘叶,潘玥,郑魏,胡晶. miR-186-5p在酒精诱导的心肌细胞中高表达并通过靶基因XIAP调控细胞凋亡水平 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(5): 53-62.
[10]	程瑜,施琼,安利钦,范梦恬,皇改改,翁亚光. **BMP7基因沉默抑制钙盐诱导猪主动脉瓣膜间质细胞成骨分化 ^***[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(5): 63-71.
[11]	李欣,赵中利,罗晓彤,曹阳,张立春,于永生,金海国. 诱导多能干细胞向雄性生殖细胞分化诱导物的研究进展 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2019, 39(4): 94-100.
[12]	施文雯,张蕾. 力学微环境影响间充质干细胞分化的研究现状 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2018, 38(8): 76-83.
[13]	郭玉蕾,唐亮,孙瑞强,李尤,陈依军. 高通量微型生物反应器的研究进展[J]. 中国生物工程杂志, 2018, 38(8): 69-75.
[14]	李亚芳,赵颖慧,刘赛宝,王伟,曾为俊,王金泉,陈洪岩,孟庆文. 鸡OV启动子表达HA对禽流感病毒攻击提供完全保护 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2018, 38(7): 67-74.
[15]	李光然,王伟. 小分子化合物在干细胞神经分化中的研究进展 ^*[J]. 中国生物工程杂志, 2018, 38(3): 76-80.

Viewed

Full text

Abstract

Cited

Shared

Discussed