应用高通量测序技术对蚊携带RNA病毒的检测研究

doi:10.13523/j.cb.20171101

中国生物工程杂志

2017, Vol. 37

Issue (11): 1-5 DOI: 10.13523/j.cb.20171101

计算生物学与生物信息学专栏

应用高通量测序技术对蚊携带RNA病毒的检测研究

王慧煜¹, 何鮦鮦², 刘佳佳¹, 范航², 宋锋林³, 梅琳¹, 童贻刚², 韩雪清¹

1. 中国检验检疫科学研究院北京 100176;
2. 军事医学科学院微生物流行病研究所北京 100071;
3. 辽宁出入境检验检疫局保健中心大连 116001

The Investigation of RNA Viruses in Mosquitoes via High-Throughput Sequencing

WANG Hui-yu¹, HE Tong-tong², LIU Jia-jia¹, FAN Hang², SONG Feng-lin³, MEI Lin¹, TONG Yi-gang², HAN Xue-qing¹

1. Chinese Academy of Inspection and Quarantine, Beijing 100176, China;
2. Beijing Institutes of Microbiology and Epidemiology, Beijing 100071, China;
3. Liaoning Entry-Exit Inspections and Quarantine Bureau, Dalian 116001, China

全文: PDF(488 KB) HTML

摘要： 目的：基于高通量测序技术，分析我国不同边境地区蚊虫携带病原的多样性，为快速筛查蚊媒病原提供参考依据。方法：将采自不同边境地区的田间样品随机分为6组，提取病毒核酸，然后使用Ion S5 XL测序仪进行高通量测序，并进行生物信息学分析。结果：在6个蚊类混合样本中，有4个混合样本发现2种及2种以上的可疑病毒。结论：高通量测序检测体系有效地检测出蚊媒病毒的存在，初步揭示了蚊类所携带的病原体种类的多样性。

关键词： 高通量测序; 筛查; 蚊; RNA病毒

Abstract: Objective:Based on high-throughput sequencing, the diversity of mosquito-borne viruses in different border areas of China was analyzed, which provided information for rapid screening of mosquito-borne virus. Methods:Field samples from different border areas were randomly divided into 6 groups and virus nucleic acids were extracted, followed byhigh-throughput sequencing. After that, bioinformatics methods were used to analyze the sequencing reads as well as the status of virus infection in themosquitoes'sample.Results:In the six samples, four mixed samples were found to containtwo or more suspicious viruses.Conclusion:High throughput sequencing detection system can effectively detect the presence of viruses, and preliminarily revealed the diversity of viruses carried by mosquitoes.

Key words: Mosquitoes High-throughput sequencing RNA virus Screening

收稿日期: 2017-09-26 出版日期: 2017-11-15

ZTFLH:

Q-3

基金资助: 国家科技支撑计划专题资助项目（2013BAD12B03）

通讯作者: 童贻刚, 韩雪清 E-mail: tong.yigang@gmail.com;xqhancaiq@163.com

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引用本文:

王慧煜, 何鮦鮦, 刘佳佳, 范航, 宋锋林, 梅琳, 童贻刚, 韩雪清. 应用高通量测序技术对蚊携带RNA病毒的检测研究[J]. 中国生物工程杂志, 2017, 37(11): 1-5.

WANG Hui-yu, HE Tong-tong, LIU Jia-jia, FAN Hang, SONG Feng-lin, MEI Lin, TONG Yi-gang, HAN Xue-qing. The Investigation of RNA Viruses in Mosquitoes via High-Throughput Sequencing. China Biotechnology, 2017, 37(11): 1-5.

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/10.13523/j.cb.20171101 或 https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2017/V37/I11/1

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