Please wait a minute...

中国生物工程杂志

CHINA BIOTECHNOLOGY
中国生物工程杂志  2008, Vol. 28 Issue (7): 48-52    
研究报告     
抗口蹄疫病毒相关基因的筛选及分析
李建霞 苗向阳 任慧英 于忠娜
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 中国农业科学院畜牧研究所基因与细胞工程研究室 青岛农业大学
Screening and Analysis of Anti-FMD Related Genes
 全文: PDF(5201 KB)   HTML
摘要:

口蹄疫是一种烈性传染病,其广泛流行给社会造成了巨大经济损失。为了研究口蹄疫灭活疫苗免疫的分子机制,同时也为抗口蹄疫病毒药物的研制奠定基础,本研究应用mRNA差异显示技术,以PK-15细胞为材料,系统比较了口蹄疫疫苗刺激组(A组)和正常的PK-15细胞(B组)的基因表达情况,回收差异片段,经二次扩增并纯化后,得到30条ESTs。将30条ESTs采用以地高辛标记的反向Northern点杂交鉴定,将阳性条带克隆测序,筛选出8条ESTs,编号E1~E8,应用BLASTn工具将8条ESTs对核酸数据库nr和dbEST中所有序列进行了同源性分析,其中E1,E2分别与猪的热休克蛋白基因、猪的MHCⅠ类基因同源,序列相似性都达到100%。E3,E4,E5,E7分别与已有核酸数据库中的基因克隆或EST具有较高同源性,为已知的EST,但功能未知;E6,E8在数据库中没有发现与其相似性较高的序列,为新的EST。应用数据库资源将E5、E7进行电子延伸后,将延伸序列进行开放阅读框分析,又经TBLASTx分析发现E7蛋白质序列与猪的精氨酸酶Ⅰ类蛋白序列有很高同源性。将E1、E2、E4、E5序列进行了基因表达谱分析,对E6、E8用BLASTx工具对非冗余蛋白质数据库nr进行了相似性搜索,在其他物种中找到了相似的基因序列。本研究筛选出的热休克蛋白基因、MHCⅠ类基因、精氨酸酶Ⅰ类基因和其他未知功能基因可以作为抗口蹄疫病毒研究中的侯选基因,其具体的功能有待今后进一步研究。

关键词: 口蹄疫mRNA差异显示技术表达序列标签生物信息学分析    
Abstract:

Abstract:Enormous economic loses were caused by FMD which was a kind of virulent infections disease.This study was carried out to research the molecular immune mechanism of inactivated FMD vaccines, lay the foundations for invention of anti-FMDV medicine. In the research, mRNA differential display method was used to compare gene expression between PK-15 cells stimulated by Swine Foot and Mouth Disease and normal controls. 30 ESTs were obtained by extraction , amplification and purification. The 30 ESTs were identified by reverse northern dot bloting .8 positive DNA fragments were cloned and sequenced.All 8 ESTs were compared with nucleotide sequences deposited in the nr database and dbEST database of GenBank via BLASTn tool. E1 was found highly similar to Heat shock 60kDa protein 1, E2 was found highly similar to Sus scrofa MHC class I SLA genomic region, haplotype H01,clone. E7 were extended and separated by searching database. The ORF database were used to analyse the extened bands. The result indicated that E7 was highly similar to arginase I of Sus scrofa. heat shock 60kDa protein 1, Sus scrofa MHC class I SLA genomic region haplotype H01 clone, arginase, type I of Sus scrofa and the other genes with unknown functions were regarded as candidate genes in anti-FMDV research, and their specific functions need to be explored in further study.

Key words: Foot and Mouth Disease    DDRT-PCR    EST    Bioinformatic analysis
收稿日期: 2007-12-28 出版日期: 2008-07-25
通讯作者: 李建霞   
服务  
把本文推荐给朋友
加入引用管理器
E-mail Alert
RSS
作者相关文章  
苗向阳
于忠娜
任慧英
李建霞

引用本文:

李建霞,苗向阳,任慧英,于忠娜. 抗口蹄疫病毒相关基因的筛选及分析[J]. 中国生物工程杂志, 2008, 28(7): 48-52.

. Screening and Analysis of Anti-FMD Related Genes. China Biotechnology, 2008, 28(7): 48-52.

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/        https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2008/V28/I7/48

[1] 何石宝, 杨成飞, 尚杉, 王凌燕, 唐文超, 朱勇. 家蚕保幼激素结合蛋白Bmtol基因的克隆及表达分析[J]. 中国生物工程杂志, 2017, 37(10): 16-25.
[2] 朱志坚, 连凯琪, 郑海学, 杨孝朴. 口蹄疫病毒入侵宿主细胞研究进展[J]. 中国生物工程杂志, 2015, 35(5): 103-108.
[3] 代鹏, 周广青, 林密, 冯霞, 马军武, 张晓霞. 利用核糖体展示技术筛选口蹄疫病毒 单链抗体基因[J]. 中国生物工程杂志, 2012, 32(07): 95-101.
[4] 申健, 张越, 潘秋辉, 孙奋勇. 生物信息学分析及预测miR-17-92的分子调控网络[J]. 中国生物工程杂志, 2012, 32(03): 69-75.
[5] 杨双, 马军武, 周广青, 林密, 冯霞, 刘涛, 代鹏. 核糖体展示口蹄疫单链抗体库的构建[J]. 中国生物工程杂志, 2011, 31(7): 98-103.
[6] 王威, 魏迪明, 潘昇, 卿冬进, 黄伟成, 张仕华, 王磊, 李凝. 小桐子生殖组织基因表达谱[J]. 中国生物工程杂志, 2011, 31(06): 38-48.
[7] E Guang-xin, LIU Di, ZHANG Dong-jie, CUI Yu. 猪精氨酸-丝氨酸蛋白激酸3(SRPK3)基因的克隆、表达及多态性分析[J]. 中国生物工程杂志, 2011, 31(03): 46-54.
[8] 甘丽萍 席建 徐丽 司马杨虎 徐世清. 家蚕LongSAGE文库鉴定及延长标签的改进GLGI方法[J]. 中国生物工程杂志, 2010, 30(07): 0-0.
[9] 李永亮 卢曾军 杨苏珍 田美娜 谢宝霞 刘在新. 口蹄疫病毒非结构蛋白定量检测ELISA方法的建立[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(11): 70-73.
[10] 任林柱,王兴龙,崔丽瑾,张辉,孟柯音. 口蹄疫病毒WFL株ORF基因真核表达质粒的构建及病毒的拯救[J]. 中国生物工程杂志, 2008, 28(4): 27-31.
[11] 郑海学,郭慧琛,靳野,刘湘涛,谢庆阁. 基于FMDV IRES的双顺反子载体的构建及体外表达分析[J]. 中国生物工程杂志, 2007, 27(8): 29-33.
[12] 刘慧娟,金宁一,马鸣潇,金明兰,沈国顺,霍晓伟,鲁会军,金扩世,李旭,计越. 共表达O型口蹄疫病毒3C、P1-2A基因和猪白细胞介素18基因的重组鸡痘病毒免疫原性研究[J]. 中国生物工程杂志, 2007, 27(8): 25-28.
[13] 独军政,常惠芸,高闪电,王景锋,邵军军,林彤,丛国正,才学鹏,谢庆阁. 双峰驼口蹄疫病毒受体β6亚基基因的分子特征[J]. 中国生物工程杂志, 2007, 27(8): 63-68.
[14] 胡婕,苗向阳,冯浩咏. EST技术及其在哺乳动物早期胚胎研究中的应用[J]. 中国生物工程杂志, 2007, 27(8): 87-91.
[15] 刘慧娟,金宁一,马鸣潇,金明兰,张林,李旭,计越,鲁会军,金扩世. 共表达O型口蹄疫病毒P1-2A基因和猪白细胞介素18的重组鸡痘病毒的构建[J]. 中国生物工程杂志, 2006, 26(09): 20-23.