基因表达谱芯片的数据挖掘

中国生物工程杂志

2009, Vol. 29

Issue (10): 87-91

综述

基因表达谱芯片的数据挖掘

尤元海,张建中^**

中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病诊断室

Data Mining from Microarray Gene Expression Profile

YOU Yuan-hai,ZHANG Jian-zhong

Department of Diagnosis ,Institute of Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Centre for Disease Control and Prevention, P.O.Box.5, Changping , Beijing 102206, China

全文: PDF(434 KB) HTML

摘要：

随着基因芯片技术的迅速发展，表达谱芯片分析及aCGH等方法已被广泛应用于生命科学各个研究领域，由此产生的数据也呈指数级增长。如何从海量数据中获取有生物学意义的结果成为摆在生物学工作者面前的难题。对表达谱芯片数据挖掘方法进行了综述。介绍了基本分析思路，当前重点分析方向，如GO分析、pathway与调控网络分析、聚类分析等计算法则和相关几款易用的分析软件。并介绍了几种科学自由计算软件在表达谱生物信息学分析中的应用。藉此为从事芯片分析的研究人员提供参考。

关键词： 基因芯片; 表达谱分析; 数据挖掘

Abstract:

Microarray technology are being performed more widely than ever before on many areas in lifescience, although the technology is still evolving, the challenge of performing a microarray experiment is no longer in the data generation, but in extracting useful information and utilizing it to get the results with biological meanings.Some methods and tools used for expressional microarray data mining based on previous work were summarized. These methods include gene clustering ,GO analysis ,regulating pathway analysis, and related algorithm. We hope this can be helpful for those researchers who are implementing expressional microarray for biological analysis.

Key words: Microarray Expressinal analysis Data mining

收稿日期: 2009-05-14 出版日期: 2009-10-29

ZTFLH:

Q819

基金资助:

食品中病原体及转基因标签的快速检测体系建立

通讯作者: 张建中 E-mail: zhangjianzhong@icdc.cn

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引用本文:

尤元海张建中. 基因表达谱芯片的数据挖掘[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(10): 87-91.

YOU Yuan-Hai, ZHANG Jian-Zhong. Data Mining from Microarray Gene Expression Profile. China Biotechnology, 2009, 29(10): 87-91.

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/ 或 https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2009/V29/I10/87

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