Please wait a minute...

中国生物工程杂志

CHINA BIOTECHNOLOGY
中国生物工程杂志
中国生物工程杂志  2009, Vol. 29 Issue (03): 69-73    
技术与方法     
乙二醇和1，2-丙二醇增强富含GC碱基人类基因组DNA模板的PCR扩增
杨霞1,2,刘芳1,2,孟良玉1,2,张治洲1,2,3
1. 天津科技大学食品工程与生物技术学院
2. 天津科技大学营养基因组学与功能食品研究所 3.上海交通大学BIO-X生命科学研究中心
Ethylene glycol and 1，2-propanediol enhanced polymerase chain reaction for amplification of high GC content human DNA
 全文: PDF(959 KB)   HTML
摘要：

基因（组）操作者常会遇到高GC序列难于扩增的问题。全球范围内也还没有很成熟的通用方法来解决这个问题。经过系统的摸索，发现选用有机试剂乙二醇和1，2-丙二醇能得到比较满意的特异的PCR产物。104段随机选取的GC含量在60%~80%之间的人类基因组序列（长度在700~800bp）基本上全部得到较好的扩增。
关键词： 高GC序列;乙二醇;1，2-丙二醇;PCR    
Abstract:

Investigators in gene (genome) manipulation frequently meet difficulty in amplification of GC-rich DNA sequences. This difficulty has not been well solved worldwide. Through systematic screening, 1,2-propanediol and ethylene glycol were found specifically efficient in enhancing the amplification of high GC content human genomic DNA. We randomly selected 104 GC-rich sequences (GC content from 60% to 80% and length from 700 to 800bp) from human genomic DNA to test the two organic solvents and all 104 amplicons were well amplified.
Key words: GC-rich;Ethylene glycol;1,2-propanediol;PCR
收稿日期: 2008-12-24 出版日期: 2009-03-31
ZTFLH:  Q75  
基金资助:

国家自然科学基金
通讯作者: 张治洲   
服务　　
把本文推荐给朋友
加入引用管理器
E-mail Alert
RSS
作者相关文章　　
杨霞 刘芳 孟良玉 张治洲

引用本文:

杨霞,刘芳,孟良玉,张治洲. 乙二醇和1，2-丙二醇增强富含GC碱基人类基因组DNA模板的PCR扩增[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(03): 69-73.

YANG Xia- Liu-Fang- Meng-Liang-Yu- Zhang-Chi-Zhou. Ethylene glycol and 1，2-propanediol enhanced polymerase chain reaction for amplification of high GC content human DNA. China Biotechnology, 2009, 29(03): 69-73.

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/    或    https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2009/V29/I03/69

［1］ Hube F, Reverdiau P, Iochmann S,et al. Improved PCR method for amplification of GCrich DNA sequences.Mol Biotechnol,2005，31(1)：81~4 ［2］ 胡福泉．现代基因操作技术．北京：人民军医出版社，2000 Hu F Q.Modern Gene Technology.Beijing:People’s Militany Medical Press,2000 ［3］ Mullis K B, Faloona F A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerasecatalyzed chain reaction. Methods Enzymol, 1987, 155（56）：355~350 ［4］ Bachmann H S，Siffert W，Frey U H. Successful amplification of extremely GCrich promoter regions using a novel 'slowdown PCR' technique. Pharmacogenetics. 2003，13(12)：759~66 ［5］ Moreau A, Wang D S, Forget S,et al. GCrich template amplification by inverse PCR,DNA polymerase and solvent effects. Methods Mol Biol,2002（192）：75~80 ［6］ Innis M A,Gelfand D H,Sninsky J J, et al. PCR protocols:a guide to methods and applications. San Diego CA：Academic Press,1990，22（4）∶3~7 ［7］ Erlich H A,Gelfand D,Sninsky J J.Recent advances in the polyrnerase chain reaction. Science,1991，(252)：1643~1651 ［8］ 刑小黑，姜卫红．提高富含GC碱基DNA模板PCR扩增效率的方法．南京农业大学学报，1999，22（3）：112~114 Xing X H,Jiang W H.Journal of Nanjin Agriculturd University,1999,22(3):112~114 ［9］ Sheffield V C, Beck J S, Stone E M,et al. A simple and efficient method for attachment of a 40base pair, GCrich sequence to PCRamplified DNA. Biotechniques. 1992，12(3)：386~388 ［10］ Turner S L, Jenkins F J. Use of deoxyinosine in PCR to improve amplification of GCrich DNA. Biotechniques,1995，19(1)：48~52 ［11］ Sun Y, Hegamyer G, Colburn N H. PCRdirect sequencing of a GCrich region by inclusion of 10% DMSO: application to mouse cjun. Biotechniques,1993，15(3)：372~374 ［12］ Barnes W M. PCR amplification of up to 35kb DNA with high fidelity and high yield from lambda bacteriophage templates. Proc Natl Acad Sci USA,1994,91（6）：2216~2200 ［13］ Miller G A. Method for nucleotide sequence amplification,United States Patent, 1996, （5）：545~539 ［14］ Cheng S, Fockler C, Barnes W M,et al. Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA. Proc Natl Acad Sci USA,1994,91（12）：5695~5699 ［15］ Sahdev S, Saini S,et al. Ampification of GCrich genes by following a combination strategy of primer design, enhancers and modified PCR cycle conditions. Molecular and cellular Probes,2007, 21（11）：303~307 ［16］ Nu Y,Stulp R P.Improved mutation detection in GCrich DNA fragment by combined DGGE and CDGE. Nucleic Acids Res, 1999,27（15）：e9 ［17］ Henke W, Herdel K,Jung K,et al. Betaine improves the PCR amplification of GCrich DNA sequences. Nucleic Acids Res, 1997,25（19）：3957~3958 ［18］ 陈绪清，张晓东．甜菜碱增强长片段PCR的扩增．生物工程学报，2004,20（5）：717~718 Chen X Q,Zhang X D.Chinese Journal of Biotechnology,2004,20(5):717~718 ［19］ Baskaran N,Kandpal R P,Bhargava A K,et al.Uniform amplification of a mixture of deoxyribonucleic acids with varying GC content. Genome Res,1996,6（7）：633~638 ［20］ 张治洲，杨霞，刘芳，等.有机试剂增强高GC含量DNA片段扩增效率的方法：中国，200810151276.4
[1] 满朝来, 李凤, 唐高霞, 甄鑫, 弭晓菊. Akirin基因研究进展[J]. 中国生物工程杂志, 2012, 32(03): 106-109.
[2] 刘菊华, 徐碧玉, 张建平, 贾彩红, 王甲水, 张建斌, 金志强. 香蕉基因组测序及胁迫相关功能基因研究进展[J]. 中国生物工程杂志, 2012, 32(03): 110-114.
[3] 艾瑞婷, 王德平. "十一五"863计划"基于功能基因组和结构基因组的药物分子设计"重点项目课题布局及实施情况分析[J]. 中国生物工程杂志, 2012, 32(01): 124-128.
[4] 刘新星, 陈超. 基于短序列测序数据的四倍体拟南芥转录组研究[J]. 中国生物工程杂志, 2011, 31(7): 45-53.
[5] 李霞, 刘佳佳, 陈建华, 栾明宝, 殷珍珍, 杨栋梁. 产喜树碱喜树内生真菌的筛选及喜树内生真菌的SRAP分析[J]. 中国生物工程杂志, 2011, 31(7): 60-64.
[6] 成晓杰, 仇天雷, 王敏, 张姝, 蔡金国, 高俊莲. 低温沼气发酵微生物区系的筛选及其宏基因组文库构建[J]. 中国生物工程杂志, 2010, 30(11): 50-55.
[7] 陈新, 曾长英, 卢诚, 王文泉. 基于PCR技术的miRNA定量检测方法[J]. 中国生物工程杂志, 2010, 30(11): 88-93.
[8] 毛建平 王全会 周颖 方静 崔玉芳. 桥式PCR，一种简易连接DNA标签序列的方法[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(11): 66-69.
[9] 汪军玲,王松太. miRNA体内作用靶标鉴定的策略[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(03): 85-88.
[10] 任林柱,史利军. 狂犬病毒反向遗传学技术的研究及应用进展[J]. 中国生物工程杂志, 2009, 29(03): 89-93.
主管：中国科学院 　主办：中国科学院文献情报中心 　中国生物技术发展中心 　中国生物工程学会