猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

中国生物工程杂志

研究报告

猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

孙世琪刘湘涛郭慧琛尹双辉刘在新马军武谢庆阁

兰州兽医研究所

Prediction of secondary structure and B cell epitope for capsid protein of SVDV

全文: PDF HTML

摘要： 以SVDV外壳蛋白基因序列为基础，采用Chou-Fasman法、Garnier-Robson 法和Karplus-Schulz法预测蛋白质的二级结构；按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测SVDV外壳蛋白的B细胞表位。预测结果表明，SVDV外壳蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段；SVDV外壳蛋白的VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位，其中，VP1蛋白的B细胞表位优势区域比VP2和VP3蛋白的多，与已鉴定的B细胞表位相比较，该方法预测的结果有较高的准确度。为实验确定SVDV外壳蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供理论基础。

关键词： 二级结构; B细胞表位; 猪水疱病病毒; 外壳蛋白

Abstract: The secondary structure of Capsid protein was predicted by the methods of Chou-Fasman, Garnier-Robson and Karplus-Schultz based on the sepuence of capsid protein gene of Swine Vesicular Disease Virus (SVDV) and hydrophilicity, surface probility plot and antigenic index for capsid protein were obtained by the methods of Kyte-Doolittle, Emini and Jameson-wolf respectively, Combining the results according to these methods, the B cell epitopes for capsid protein of SVDV were predicted. The results showed that there are much flexible region such as coil region and turn region in capsid protein of SVDV and there are more predominant B cell epitopes in VP1 than in VP2 and VP3. This study would be helpful for identification of B cell epitopes for capsid protein using experimental methods and research of reverse vaccine of SVDV.

Key words: secondary structure B cell epitope Swine vesicular disease virus capsid protein

收稿日期: 2005-11-16 出版日期: 2006-05-25

通讯作者: 孙世琪

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孙世琪,刘湘涛,郭慧琛,尹双辉,刘在新,马军武,谢庆阁. 猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测[J]. 中国生物工程杂志, .

. Prediction of secondary structure and B cell epitope for capsid protein of SVDV. China Biotechnology, .

链接本文:

https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/ 或 https://manu60.magtech.com.cn/biotech/CN/Y2006/V26/I05/1

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